Keiichi Maebara est transféré dans une école située à Hinamizawa, un petit village isolé du Japon. Sa nouvelle vie commence plutôt bien avec ses quatre nouvelles camarades de classe, Rena, Mion, Satoko et Rika qui l'acceptent tout de suite dans leur club de jeux de sociétés.
Mais tout devient de plus en plus obscur au fur et à mesure que Keiichi apprend l'histoire du village... Il y a quatre ans, les villageois se sont réunis pour empêcher la construction d'un barrage qui aurait détruit le village entier. Et le conflit se serait terminé par un meurtre et une disparition mystérieuse, qui maintenant, se reproduiraient chaque année à la même date.
Keiichi découvre alors que ses quatre nouvelles amies ne seraient peut-être pas aussi innocentes qu'elles le prétendent...