En 200X, les habitant sde DenTech sont connectés grâce aux PETs à un réseau informatique dans lequel ils évoluent individuellement à travers des "NetNavi", leurs navigateurs personnels. Chaque Net Navi possède des caractéristiques et des pouvoirs qui lui sont propres.
Megaman est celui de Lan, un jeune garçon gradé de la cinquième section. Ensemble et avec leurs amis, ils essaient de contrecarrer le diabolique Mr Willy et son roganisation du chaos, Net Crime, qui menace d'anéantir le monde.