Le jour où Sasahara découvre le club du Genshiken (alias Groupe d'Etudes de la Culture Visuelle Moderne) lors de la traditionnelle fête culturelle de son lycée, ce grand timide et indécis se trouve enfin une raison d'être via le culte commun de Kujibiki Unbalance (l’anime à succès du moment) pratiqué avec ferveur par chacun des membres. Éloigné de toute civilisation, ce petit groupe ira de discussions en débats jusqu’à l’intrusion de Saki, une jeune fille «normale» amoureuse de l’un des membres…provoquant ainsi la confusion des genres entre profane et otaku.