En l'an 2000, il y a quinze ans déjà, deux milliards d'êtres humains ont péri lors du Second Impact, une catastrophe planétaire qui a entraîné la fonte des glaces et submergé une vaste partie de la Terre. Aujourd'hui, en 2015, un calme étrange règne sur Tokyo-3. Les forces de l'ONU ont invité tous les habitants à se réfugier dans les abris. Des troupes encerclent la ville. Dans le QG de la NERV, militaires et scientifiques attendent nerveusement la confirmation du retour des Anges, ces créatures étranges qui sembleny avoir été la cause du Second Impact. Pendant ce temps, Shinji erre à la recherche du colonel Misato Katsuragi, membre de la NERV. Il ne sait pas encore qu'il devra piloter un Eva et affronter les terribles Anges...