Takeru est un jeune homme timide qui, jour après jour, travaille en secret à la création d’un jeu de rôle "L'Exercice de zéro", dans lequel un jeune chevalier doit affronter mille épreuves afin d'accéder à la mystérieuse "Utena", afin de faire renaître un monde plus juste. Un jour, Takeru rencontre Zen, un enfant étrange qui parle comme un livre et semble tout connaître de sa vie...