Orphelin et adolescent solitaire, Natsume voit des yôkai – êtres surnaturels japonais – depuis son plus jeune âge. Son existence, peu ordinaire, bascule lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche et qu’il hérite d’un étrange carnet lui permettant, non seulement, de commander aux êtres surnaturels, mais aussi d’avoir droit de vie et de mort sur eux...