En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric ont utilisé une technique interdite relevant du domaine de l'alchimie: la transmutation humaine.
Seulement, l'expérience a mal tourné: Edward a perdu un bras et une jambe et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant prisonnier d'une armure. Devenu alchimiste d'Etat, Edward, surnommé "Fullmetal Alchemist", se lance, avec l'aide de son frère, à la recherche de la pierre philosophale, leur seule chance de retrouver leur état initial...